Laissons les oiseaux en dehors du coup !
Tout ce qui peut arriver avec les oiseaux c'est qu'un merle vienne tout simplement vider un godet en laissant le plant racines à l'air... pas pour le manger mais simplement pour récupérer un ver de terre qui se cachait dans la terre du pot ... véridique ! (il suffit de placer un filet de protection sur les jeunes plants).
Plus sérieusement, j'imputerais ces symptomes à l'attaque soit d'une petite limace, soit à celle d'un ver gris (noctuelle) attention, l'un comme l'autre peuvent disparaître totalement pendant la journée pour faire leurs attaques la nuit (regarder sous les godets ou sous les pots pour les limaces) et dans tout l'environnement pour le ver gris mais ce dernier s'attaquerait aussi aux feuilles.
En conclusion, à défaut d'identification formelel, un granulé pour limaces ne ferait pas de mal.
La terre ne nous appartient pas, ce sont nos enfants qui nous la prêtent...